薄层层析硅胶是一种高纯度的多孔性二氧化硅（SiO₂）粉末。其工作原理是物理吸附：硅胶颗粒表面有许多极性的硅醇基(-OH)，当样品混合物流经硅胶层时，不同化合物与硅胶的吸附力强弱不同。极性越强的化合物，与硅胶的结合能力越强，走得越慢；极性越弱的化合物，被硅胶抓住的能力弱，走得越快。经过展开剂的推动，不同的化合物就在硅胶板上形成了互相分离的斑点，这就是薄层色谱分离的核心。硅胶G里面掺了石膏做粘合剂，涂出来的板子结实不掉粉；硅胶GF254里面还加了荧光指示剂，在254nm紫外灯下，除了荧光斑点以外的其他斑点都能被照亮，方便观察。